不谷当事以来，私宅不见一客，非公事不通私书，门巷阒然，殆同僧舍，虽亲戚故旧，交际常礼，一切屏绝，此四方之人所共见闻，非矫伪也。屡拟严旨，奖廉饬贪，欲庶几以身帅众，共成羔羊素丝之风，而终不可易。乃苞苴之使，未尝绝也；钻刺之门，未尝墐也，虽飨荼茹堇，徒自苦耳，何裨于治理耶？虽然，不谷固不敢以人之难化，而遂懈其率之之心也，早夜检点，惟以正己格物之道，有所未尽是惧，亦望公俯同此心，坚持雅操，积诚以动之，有冥顽弗率，重惩勿贷，至于中伤毁排，则朝廷自有公论，可勿恤矣。（书牍十一《答两广刘凝斋论严取与》）
人是毕竟不免受环境支配的。假如居正不生在腐化的空气中，或即生在这个空气之中，而没有那样的父亲，也许他在“正己格物”的方面，会有更大的成绩。
居正当国以来，整顿财政，到现在已经有了相当的成就。在他整顿的时候，追比田赋积欠，每年带征三成。纳税的百姓，看到增加三成，当然认为负担太重。万历三年，居正底门生，御史傅应祯疏称“小民一岁之入，仅足给一岁，无遗力以偿负也。近乃定输不及额者，按、抚听纠，郡、县听调，诸臣畏谴，督促倍严，致流离接踵，怨咨愁叹，上彻于天。”这是一种谠论。在应祯上疏的时候，居正当然有许多不快，但是到了万历四年，他知道财政方面，已经稳定，同时他也看清赋税方面，有改革底必要。七月居正疏称：
臣等又查得隆庆六年六月诏书一款，自嘉靖四十三年、四十四年、四十五年，并隆庆元年钱粮，除金花银不计外，其余悉从蠲免，其二年、三年、四年，各量免十分之三。至于淮安、徐州以水旱，广东惠、潮二府以兵伤，则并隆庆二年、三年，亦从蠲免，恩至渥矣。乃该地方犹不能追纳，至万历二年，户部乃议于拖欠七分之中，每年止带征三分而民犹以为苦。何也？盖缘各有司官不能约己省事，无名之征求过多，以致民力殚竭，反不能完公家之赋。其势豪大户，侵欺积猾，皆畏纵而不敢问，反将下户贫民，责令包赔。近来因行考成之法，有司官惧于降罚，遂不分缓急，一概严刑追并，其甚者又以资贪吏之囊橐，以致百姓嗷嗷，愁叹盈闾，咸谓朝廷催科太急，不得安生。夫出赋税以供上者，下之义也；怜其穷困，量行蠲免者，上之恩也；于必不可免之中，又为之委曲调处，是又恩之恩也。今乃不知感戴而反归过于上，则有司官不能奉行之过也。然愚民难以户晓，损上乃可益下，顷赖皇上力行节俭，用度渐纤，又以北虏纳款，边费稍省，似宜曲垂宽恤，以厚下安民。合无敕下户部，查各项钱粮，除见年应征者，分毫不免外，其先年拖欠带征者，除金花银遵诏书仍旧带征外，其余七分之中，通查年月久、近，地方饶、瘠，再行减免分数，如果贫瘠不能完者，悉与蠲除，以苏民困。至于漕运粮米，先年亦有改折之例，今查京、通仓米，足支七、八年，而太仓银库，所积尚少，合无比照先年事例，将万历五年酒粮，量行改折十分之三，分派粮多及灾伤地方征纳。夫粮重折轻，既足以宽民力，而银库所入，又借以少充，是足国裕民，一举而两得矣。臣等待罪辅强，日夜思所以佐皇上，布德元元，辑宁邦本，计无便于此者。伏乞圣明采纳施行，生民幸甚。（奏疏五《请择有司蠲逋赋以安民生疏》）
疏中所称，除豁免积欠以外，还有漕粮改折的事。粮是实物底征收，因为北京、通州一带存粮已足，所以居正提议在漕粮定额太重和灾荒的地方，折价收银，减轻人民底痛苦，同时也增加银两的存储。这一年积粮足支七八年，积银四百余万，（《明史纪事本末》卷六十一）国家财政，遂造成不可动摇的基础。
万历四年，在水利方面，也有相当的成绩。当时管理水道的大臣，一位是河道总督，一位是漕运总督。漕督本来是管漕粮的，但是水道发生问题，漕船便无从北上，所以对于黄河和运河水利，都不容不过问。二月间漕运总督吴桂芳疏称：
淮、扬二郡，洪潦奔冲，灾民号泣，所在凄然，盖滨海汊港，岁久道湮，入海止恃云梯一径，致海拥横沙，河流泛溢，而盐、安、高、宝，不复可收拾矣。国家转运，惟知急漕而不暇急民，故朝廷设官，亦主治河而不知治海。臣请另设水利佥事一员，专疏海道，而以淮安管河通判，改为水利同知，令其审度地宜，讲求捷径，如草湾及老黄河皆可趋海，何必专事云梯？
云梯关是当时黄河入海的海口，老黄河、草湾都在附近，是黄河屡次决口底所在。桂芳主张多开黄河入海之道，黄水去了，淮水随同出海，高邮、宝应的水患，便可减轻。多开海口，不是整理黄河的根本大计，但是在当时淮、扬一带民生痛苦的时候，不能不算救时的方法。居正没有治河的经验，但是他有治河的决心。在他看到吴桂芳底奏疏的时候，他决定发动整个的力量，做桂芳底后盾。他说：
淮、扬之民，岁苦昏垫，朝廷未尝一日忘，顾莫有任其事者。兹读大疏，明白洞彻，底绩可期。夫治水之道，未有不先下流者。年来但讲治水，不求治海，虽费何益？但海口之淤，当必有因，似宜视水必趋之路，决其淤，疏其窒，虽弃地勿惜，碍众勿顾，庶几有成也。设官及留饷诸事，一一如教，属所司复允，惟公坚定而力图之。（书牍八《答河道吴自湖》。按题衔误。）
得到居正支撑以后，桂芳便开始做疏浚草湾的工作。这时议论来了，大家惟恐草湾一开，对于漕运发生问题。居正再给桂芳一度支持，他说：
淮、扬之民，方苦昏垫，被发缨冠而救之，犹恐不及，岂能豫忧运道之难处耶？今且拯此一方之民，从容讲求平江遗迹，为国家经久之图。今内外储积，幸已渐裕，法纪渐张，根本渐固，此等事他日自有贤者任之，公毋虑也。（书牍八《答河道吴公桂芳》。按题衔误。）
在疏浚黄河入海水道的当中，桂芳曾经有一个大胆的提议，他认为要救上游的水灾，惟有牺牲安东县城，（令涟水县）他请求交工部议复，疏中说道：
语云，“救一路哭，不当复计一家哭”。今淮、扬、凤、泗、邳、徐，不啻一路矣。安东自众流汇围以来，独文庙县衙，仅存椽瓦，已不成邑，即使全河趋之，亦不过一家哭耳。况势又不得不然耶？创始为作事所难，独任乃人情共忌，乞下所司议。
工部尚书郭朝宾复奏：“委一垂陷之安东，以拯全淮之胥溺，漕臣言可听。”上谕立即俞允。（《明神宗实录》云“报曰可’。《明史·河渠志》言帝不欲弃安东而命开草湾如所请者，误。）居正对于国家大事，只有果断，没有推诿；只有全力的推进，没有两可的游移。在这个情形之下，桂芳当然可以放手办事。万历四年七月，草湾功成；八月工部复奏。上谕赏吴桂芳银币，居正去信说：
海口疏通，淮、扬之间，欢声雷动，从此人得平土而居，翳谁之力与？以此知天下无不可为之事。“人存政举”，非虚语也。比者暂行薄赉，侯元圭既告之日，仍当有殊锡焉。（同卷《答河道吴自湖言蠲积逋疏海口》。按题衔误。）
草湾功成以后，桂芳便进行修筑高邮湖堤的工作。但是在工作进行的当中，淮水冲下来了，兴化、泰州一带，又是一片汪洋。居正说：
高邮堤工闻已告成，乃久未完报者，想以大工甫就，新水暴涨，虑有变态，欲俟其坚定，乃完报耳。但微闻兴、泰之间，河塘溃决，复成巨浸，未审何以拯之？河流既自复故道，当无俟开浚。承教挽淮入河之策，甚善。考其泛地，多属河道衙门，然公欲为国家万年之计，救淮、扬目前之急，想当视为一家，同心共济也。议定，幸即疏闻，此既关系来岁漕计，自不容不预图也。年来方内乂安，庶几小康，独河漕一事，时往来于怀，而当事诸公亦既殚厥心力矣，乃竟不获底于平成，岂所谓可能者人，不可能者天耶？奈何！（书牍九《答河道吴自湖。》按题衔误。）
桂芳提议挽淮入河，牵涉到河道总督傅希挚身上来。居正再给希挚去信：“河、漕意见不同，此中亦闻之。窃谓河、漕如左右手，当同心协力，以期共济。如所见必不能合，亦宜各陈，以俟高断，不宜默默而已。国之大事，不妨公议。事君无隐，岂为失忠厚之道耶？”（书牍九《答河漕傅后川》。按题衔误。）这是万历五年的事。但是希挚和桂芳底主张，绝对不能融洽，到万历六年初，居正不得不出以断然的处置，这是后话。关于淮水底问题，自从至元二十年，黄河改道以来，黄河夺了淮水出海的水道：在黄河水落的时候，黄、淮并流，一切没有妨碍；但是到了黄河水盛的时候，淮水被逼，倒灌运河，再加以高邮、宝应诸湖底激荡，遂成淮、扬一带的大祸。因此在万历五年便有两派不同的主张。一派主张挽淮入河，吴桂芳便是其中的一个。万历六年潘季驯总理河槽，彻底贯彻这个主张。一派如给事中汤聘尹等，主张纵淮入江，他们要黄、淮分背而行，黄河不再妨碍淮河，淮、扬地方，便有相当的安全。在地方言地方，这个不失为一种有力的主张，但是黄、淮两条水道，中间不能没有运河。假如没有运河，四百万漕粮，怎样北上？假如保留运河，即使筑堤设闸，如何能使黄河在洪水期不至倒灌入运，重新破坏淮河底水道？居正真有些茫然了。他听了淮、扬京官底主张，也认为纵淮入江，是一个方法。